1970年代後半にオーストラリアの奥地で育ったMoodleの創設者でありリードデベロッパのMartin Dougiamasは、School of the Airで授業を受けており、幼い頃から遠隔学習に対する洞察を得ていました。
成人後、彼はCurtin Universityで働き、その後同大学で学びました。そこでのWebCTの経験がきっかけとなり、オンライン教育の別の方法を研究するようになりました。1999年には新しいLMSの初期プロトタイプの試験運用を開始し、その経験が論文Improving the Effectiveness of online Learningの基礎となりました。彼は「Moodle」という語をMoodle Pty Ltdの商標として登録し、数年後にフォーラム投稿でこの名前を選んだ理由を説明しました。
研究は続きました。最初のMoodleサイトはCurtin UniversityのPeter Taylorによる http://smec2001.moodle.com/ で、Martinは2001年11月に自身のMoodle.comサイトで最初の投稿を行いました。2人は論文An Interpretive analysis of an internet based course constructed using a new courseware tool called Moodle.を発表しました。
2001年末までには、MoodleをCVS経由でダウンロードできるようになり（Gitは2010年に登場し、2013年にCVSを置き換えました）、基本的なインストールドキュメントも提供されていました。当時はまだ1人のビジョンという色合いが非常に強く、Martinは「私が何に取り組んでいるかを見られるように」2002年5月にトラッカーを設置しました。
Moodle 1.0は2002年8月にリリースされました。ユーザは新しいフォーラムでMoodleについて議論し、Moodleをさまざまな言語に翻訳し、テーマを作成していました。1年後には最初のサードパーティのモジュール（ワークショップ）がリリースされ、Moodle.orgがMoodleのコミュニティ部門となり、Moodle.comが商業面を担うようになりました。
Moodleは急速に成長しました。2004年にはオックスフォードで最初のMoodle Mootが開催され、企業がMoodleパートナーになるための申請を始めました。2005年には、Martinと他の4人が専用のオフィスに移りました。West PerthのRichardson Stにある現在の本部には16人が勤務しており、11人がリモートで働いています。2005年にラス・パルマス・デ・グラン・カナリアで開催されたスペインのMoodle Mootで、モヒートが非公式の、そしてその後公式のMoodle Mootの飲み物としての地位を確立しました。（ブログ投稿：Moodle Mojitos Historyを参照してください）
ドキュメントの改善と新しい認定制度により、Moodleは2007年までに、主要かつ受賞歴のあるオープンソースLMSとしての地位を確立しました。2004年の1,000の登録サイトから、2008年には50万ユーザ、2010年には100万を超えるユーザにまで成長し、Moodleパートナーは50社を超えました。翻訳リポジトリのAMOSは100以上の言語を擁していました。待望のMoodle 2.0は2010年11月にリリースされ、現在では定期的なリリースによって6か月ごとに機能が強化されています。現在の重点はモバイル技術です。2013年に公式HTML5アプリがリリースされ、Moodleにはあらゆる画面サイズに適したカスタマイズ可能なテーマが含まれています。
2012年のMoodle Researchカンファレンスの創設は、技術がどれほど進歩しても、Moodleの設計と開発は社会構成主義の教育学に導かれていることをあらためて示すものとなりました。2013年9月には、公式のMoodle MOOCであるLearn Moodleが、9,000人を超える参加者にMoodleの基本機能を紹介しました。Martinが10年以上前にそうしたように、世界中の教育者が自分の経験を共有することが奨励されています。MOOCは2015年1月に再度実施され、現在では6か月ごとに定期的に開催されています。2020年には、新しい教師、管理者および開発者を支援するため、自分のペースで学習できる無料コースがLearn Moodleに追加されました。
2015年7月、Moodle.comの大幅なリニューアルとともに、新たな取り組みとして、本部が管理する無料ホスティングを提供するMoodleCloudが発表されました。
2016年を通じて、本部は最初のUXチームを結成し、また新しいデフォルトテーマであるBoostテーマをリリースすることで、Moodleのユーザエクスペリエンス（UX）の改善に取り組みました。
2017年までに、Moodle.netの統計によると、Moodleの登録ユーザは1億人を超えていました。2017年には、以下を含む数多くのプロジェクトが進められました：
- 学習アナリティクスのためのオープンソースソリューションの開発と統合 - Project Inspire
- MoodleMootイベントを世界中のより多くの国々に拡大
- 最初の教育チームの設立
- 教育者が私たちの世界をより良くできるよう力を与えるというMoodleのミッションの再確認
- Moodle Desktopのリリース
2017年後半、Moodleは多額の「エンジェル」投資を受け、成長とイノベーションを加速させました。MartinがMoodleMoot Australia 2017の基調講演で語ったように、コミュニティ、パートナーおよび世界中のユーザとの旅は、心躍るものになるでしょう。
最初のGlobal MoodleMootは、2019年11月にバルセロナで開催されました。
2020年3月、登録ユーザは145,000を超えるサイトで1億9,000万人を突破しました。
2020年5月、Moodleを使用する経験豊富な教師を認定するMoodle Educator Certificationプログラムが開始され、新しいリソース共有サイトMoodleNetの開発も進められました。
