« Ressource Jmol » : différence entre les versions
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Jmol | Jmol est une applette Java, disponible en Open Source, pour la visualisation interactive de structures moléculaires ou cristallines en 3D. Elle est facilement intégrable à une page Web, y compris un document Moodle. | ||
* [http://jmol.sourceforge.net/ Site officiel de Jmol]. | |||
* [http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=36973 Discussions sur Jmol et Moodle] | |||
A part son installation facile sous Moodle, cette nouvelle ressource n'a besoin d'aucune intervention sur votre serveur ; par contre vos utilisateurs devront avoir un navigateur supportant Java et JavaScript. | |||
* '''[http://download.moodle.org/download.php/modules/resource_jmol.zip télécharger le module Jmol]''' | * '''[http://download.moodle.org/download.php/modules/resource_jmol.zip télécharger le module Jmol]''' | ||
Pour insérer un visualisateur Jmol dans n'importe quel document Moodle, vous devriez considérer d'ajouter aussi le [[ | Pour insérer un visualisateur Jmol dans n'importe quel document Moodle, vous devriez considérer d'ajouter aussi le [[Jmol filter | Filtre Jmol]]. | ||
===Comment l'utiliser=== | |||
Jmol est capable d'afficher une structure moléculaire ou cristalline à partir d'un fichier dans les formats suivants : | |||
* CIF/mmCIF - standard de l'Union Internationale de Cristallographie | |||
* CML - Chemical Markup Language | |||
* GAMESS - Gordon Research Group, Iowa State University | |||
* Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc. | |||
* Ghemical | |||
* HIN - HyperChem from Hypercube, Inc. | |||
* Jaguar - Schrodinger, LLC | |||
* MOL/SDF - MDL Information Systems, Inc. | |||
* MOPAC 93/97/2002 - Schrodinger, LLC | |||
* PDB - Protein Data Bank | |||
* Q-Chem - Q-Chem, Inc. | |||
* SHELX | |||
* Spartan - Wavefunction, Inc. | |||
* Ghemical | |||
* NWChem | |||
* XYZ | |||
Les chimistes retrouveront dans cette liste pratiquement tous leurs formats usuels. | |||
Comme avec n'importe quelle ressource Moodle, déroulez la liste "Ajouter une ressource..." et choisissez "Visualisateur de molécules 3D". Dans le formulaire correspondant, renseignez au moins le fichier de structure à utiliser. C'est le moment de choisir ou de déposer votre fichier de données dans la zone fichiers de votre cours. (Important - Comme toute applette Java, Jmol refusera d'aller chercher une structure sur un autre serveur que celui qui l'a lancée; il sera donc impossible de visualiser une structure située ailleurs sur le Web.) | |||
Dans l'écran de contrôle vous pourrez aussi personnaliser l'aspect du visualisateur (taille, présence ou non des contrôles, taille initiale des atomes) ; enfin vous pourrez ajouter des commandes dans le langage de [http://jmol.sourceforge.net/scripting/ script de Jmol]. Attention : ne pas insérer de sauts de lignes entre ces commandes ! | |||
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Dernière version du 7 décembre 2006 à 20:46
Remarque : cet article est en cours de rédaction. N'hésitez pas à le compléter. Veuillez utiliser la page de discussion pour vos recommandations et suggestions d'améliorations.
Jmol est une applette Java, disponible en Open Source, pour la visualisation interactive de structures moléculaires ou cristallines en 3D. Elle est facilement intégrable à une page Web, y compris un document Moodle.
A part son installation facile sous Moodle, cette nouvelle ressource n'a besoin d'aucune intervention sur votre serveur ; par contre vos utilisateurs devront avoir un navigateur supportant Java et JavaScript.
Pour insérer un visualisateur Jmol dans n'importe quel document Moodle, vous devriez considérer d'ajouter aussi le Filtre Jmol.
Comment l'utiliser
Jmol est capable d'afficher une structure moléculaire ou cristalline à partir d'un fichier dans les formats suivants :
* CIF/mmCIF - standard de l'Union Internationale de Cristallographie * CML - Chemical Markup Language * GAMESS - Gordon Research Group, Iowa State University * Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc. * Ghemical * HIN - HyperChem from Hypercube, Inc. * Jaguar - Schrodinger, LLC * MOL/SDF - MDL Information Systems, Inc. * MOPAC 93/97/2002 - Schrodinger, LLC * PDB - Protein Data Bank * Q-Chem - Q-Chem, Inc. * SHELX * Spartan - Wavefunction, Inc. * Ghemical * NWChem * XYZ
Les chimistes retrouveront dans cette liste pratiquement tous leurs formats usuels.
Comme avec n'importe quelle ressource Moodle, déroulez la liste "Ajouter une ressource..." et choisissez "Visualisateur de molécules 3D". Dans le formulaire correspondant, renseignez au moins le fichier de structure à utiliser. C'est le moment de choisir ou de déposer votre fichier de données dans la zone fichiers de votre cours. (Important - Comme toute applette Java, Jmol refusera d'aller chercher une structure sur un autre serveur que celui qui l'a lancée; il sera donc impossible de visualiser une structure située ailleurs sur le Web.)
Dans l'écran de contrôle vous pourrez aussi personnaliser l'aspect du visualisateur (taille, présence ou non des contrôles, taille initiale des atomes) ; enfin vous pourrez ajouter des commandes dans le langage de script de Jmol. Attention : ne pas insérer de sauts de lignes entre ces commandes !
