« Filtre Jmol » : différence entre les versions

Version du 10 mai 2006 à 16:21

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Un exemple du filtre Jmol en action dans une question d'un test

Jmol est une applette Java, disponible en Open Source, pour la visualisation interactive de structures moléculaires ou cristallines en 3D. Elle est facilement intégrable à une page Web, y compris un document Moodle.

Le filtre Moodle Jmol permet d'insérer très simplement cette applette dans un document pédagogique (tests, messages des forums, descriptions de thèmes, etc).

Download the Jmol filter'

Le filtre Jmol est très utile pour insérer un visualateur de molécules dans des situations très diverses - e.g. dans une étiquette, une discussion d'un Forum, ou une question de test. Si vous désirez charger une molécule comme une resource, vous devriez plutôt installer le module de ressource Jmol.

A part son installation sous Moodle, ce filtre n'a besoin d'aucune intervention sur votre serveur ; par contre vos utilisateurs devront avoir un navigateur supportant Java et JavaScript.

Démonstrations en anglais sur ce cours (Log in as guest)
Ou sur ce cours en français (se connecter comme invité)

Comment l'utiliser

Assurez vous que votre fichier de structure est au format PDB, XYZ, MOL, CSMOL ou CML et a bien l'extension correspondante en minuscule (.xyz, .pdb, .mol, .csmol ou .cml)
Télécharger ce fichier dans la zone fichiers de votre cours. (Important - Comme toute applette Java, Jmol refusera d'aller chercher une structure sur un autre serveur que celui qui l'a lancée; il sera donc impossible de visualiser une structure située ailleurs sur le Web.)
A l'endroit du document Moodle ou vous voulez voir apparaitre la structure, créer simplement un lien vers ce fichier de structure, en utilisant le bouton "Lien" de l'éditeur et en allant "choisir" dans votre zone fichiers le fichier téléchargé plus haut . Si vous avez oublié de le técharger, vous pouve, comme d'habitude le faire à ce moment (avec les boutons Parcourir et Déposer).
1. Deux paramétres peuvent être ajoutés à la suite de l'URL pour modifier l'apparence de l'applette. Ajoutez ?c=0 pour cacher les contrôles, ou ?s=150 pour fixer la taille de l'applette à 150 pixels. Ou ?c=0&s=150 pour faire les deux. Il est quelque fois plus simple de le faire en basculant l'éditeur en mode "HTML".
2. Par contre, vous pouvez ensuite executer un script Jmol complet , en ajoutant JMOLSCRIPT{} juste après le lien, et mettre les instructions requises entre les crochets. Par exemple :

Quelques  molécules d'eau JMOLSCRIPT{rotate x 15; zoom 50; set axes on; background [#FFFFFF]}

Puisque Moodle ne filtre pas (encore) les balises <applet>, il est aussi possible d'insérer directement dans la page la balise correspondante ; ce qui fournit des options supplémentaires de personnalisation. Voir cette page pour un exemple (connectez vous comme invité).

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-[[Image:Jmol-quiz-example.png|thumb|200px|right|An example of the Jmol filter in action]]
+{{Travail_en_cours}}
-Jmol is open-source Java software for interactive 3D viewing of molecular structures. It can easily be embedded into a webpage... including a Moodle page.
+[[Image:Jmol-quiz-example.png|thumb|200px|right|Un exemple du filtre Jmol en action dans une question d'un test]]
-The Moodle Jmol filter makes it incredibly simple for teachers to embed these viewers into teaching material (quizzes, discussion messages, etc).
+Jmol est une applette Java, disponible en Open Source, pour la visualisation interactive de structures moléculaires ou cristallines en 3D. Elle est facilement intégrable à une page Web, y compris un document Moodle.
+Le filtre Moodle Jmol permet d'insérer très simplement cette applette dans un document pédagogique (tests, messages des forums, descriptions de thèmes, etc).
 * '''[http://download.moodle.org/download.php/modules/filter_jmol.zip Download the Jmol filter]''''
-The Jmol filter is very useful for including a molecule viewer in a variety of situations - e.g. in a [[Label]], a [[Forums | Forum]] discussion, or a [[Quizzes| Quiz]] question. If you wish to load a molecule data file as a "resource", you should also consider installing the [[Jmol resource module]].
+Le filtre Jmol est très utile pour insérer un visualateur de molécules dans des situations très diverses - e.g. dans une [[étiquette]], une discussion d'un [[Forums | Forum]], ou une question de [[Quizzes| test]]. Si vous désirez charger une molécule comme une resource, vous devriez plutôt installer le [[Ressource Jmol | module de ressource Jmol]].
-It requires no additional capability on your web server, but requires both Java and a JavaScript-enabled browser for the user.
+A part son installation sous Moodle, ce filtre n'a besoin d'aucune intervention sur votre serveur ; par contre vos utilisateurs devront avoir un navigateur supportant Java et JavaScript.
-* [http://moodle.yeovil.ac.uk/course/view.php?id=63 Demonstrations en anglais sur ce cours] (Log in as guest)
+* [http://moodle.yeovil.ac.uk/course/view.php?id=63 Démonstrations en anglais sur ce cours] (Log in as guest)
 * [http://cipcnet.insa-lyon.fr/moodle/course/view.php?id=56 Ou sur ce cours en français] (se connecter comme invité)
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 # Assurez vous que votre fichier de structure est au format PDB, XYZ, MOL, CSMOL ou CML et a bien l'extension correspondante en minuscule (.xyz, .pdb, .mol, .csmol ou .cml)
-# Télécharger ce fichier dans la zone fichiers de votre cours. (Important - Jmol refuses to display data files held on other servers, so you can't just link to a file that exists somewhere else on the web.)
+# Télécharger ce fichier dans la zone fichiers de votre cours. (Important - Comme toute applette Java, Jmol refusera d'aller chercher une structure sur un autre serveur que celui qui l'a lancée;  il sera donc impossible de visualiser une structure située ailleurs sur le Web.)
-# Simply create a link to the molecule file, wherever you want the molecule viewer to appear.
+# A l'endroit du document Moodle ou vous voulez voir apparaitre la structure, créer simplement un lien vers ce fichier de structure, en utilisant le bouton "Lien" de l'éditeur et en allant "choisir" dans votre zone fichiers le fichier téléchargé plus haut . Si vous avez oublié de le técharger, vous pouve, comme d'habitude le faire à ce moment (avec les boutons Parcourir et Déposer).
-## Parameters can be added to the end of the URL to specify certain display options. Add '''?c=0''' to hide the controls, or '''?s=150''' to set the viewer's size at 150 pixels. Or '''?c=0&s=150''' to do both.
+## Deux paramétres peuvent être ajoutés à la suite de l'URL pour modifier l'apparence de l'applette. Ajoutez '''?c=0''' pour cacher les contrôles, ou '''?s=150''' pour fixer la taille de l'applette à  150 pixels. Ou '''?c=0&s=150''' pour faire les deux.  Il est quelque fois plus simple de le faire en basculant l'éditeur en mode "HTML".
-# If you wish to run extra [http://jmol.sourceforge.net/scripting/ Jmol script] upon intialisation, write '''JMOLSCRIPT{}''' straight after the link, and put your code inside the braces. For example:
+## Par contre, vous pouvez ensuite executer un [http://jmol.sourceforge.net/scripting/ script Jmol complet] , en ajoutant '''JMOLSCRIPT{}''' juste après le lien, et mettre les instructions requises entre les crochets. Par exemple :
-  [http://cvs.sf.net/viewcvs.py/*checkout*/moodle/contrib/filter_jmol/filter/jmol/manywater.pdb Water molecules] JMOLSCRIPT{rotate x 15; zoom 50; set axes on;}
+  [http://cvs.sf.net/viewcvs.py/*checkout*/moodle/contrib/filter_jmol/filter/jmol/manywater.pdb Quelques  molécules d'eau] JMOLSCRIPT{rotate x 15; zoom 50; set axes on; background [#FFFFFF]}
+# Puisque Moodle ne filtre pas (encore) les balises <applet>, il est aussi possible d'insérer directement dans la page la balise correspondante ;  ce qui fournit des options supplémentaires de personnalisation. Voir cette page [http://cipcnet.insa-lyon.fr/moodle/mod/resource/view.php?id=1436 pour un exemple ] (connectez vous comme invité).
 [[Category:Administrateur]]
 [[Category:Filtre]]

Documentation

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Comment l'utiliser

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